根据2012年《中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术）》统计，我校学报（自然科学版）复合影响因子（JIP）达0.489, 复合总被引达449篇。在“综合性科学技术”类437种期刊中，《海南师范大学学报（自然科学版）》排名第139位，其排名比“211大学”中的14所同类学报靠前，在全国108所师范院校同类期刊中排名第17位。据该年报统计，我校自然版学报总下载量达3.10万次，被引期刊达236种，基金论文比为0.76。
目前收录该刊的有德国数学文摘（Zentralblatt MATH）、美国化学文摘(CA)、波兰《哥白尼索引》、中国核心期刊（遴选）数据库、中国期刊全文数据库等17家数据库和科技文摘，使用该刊的机构数达3719个，包括美国国会图书馆、悉尼大学、法国国防部、日本国会图书馆，清华大学、北京大学，浙江大学等。《海南师范大学学报（自然科学版）》是首届高校特色科技期刊、《CAJ-CD规范》执行优秀期刊、海南省第一届、第二届优秀期刊和“海南省首届优秀出版物政府奖”获奖期刊。
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